Trước đây, Phương Độ là một xã thuộc huyện Vị Xuyên.

Ngày 23 tháng 6 năm 2006, Chính phủ ban hành Nghị định 64/2006/NĐ-CP[3] về việc điều chỉnh toàn bộ 4.303 ha diện tích tự nhiên và 3.515 nhân khẩu của xã Phương Độ thuộc huyện Vị Xuyên về thị xã Hà Giang quản lý.

Ngày 27 tháng 9 năm 2010, Chính phủ ban hành Nghị quyết 35/NQ-CP[4] về việc thành lập thành phố Hà Giang thuộc tỉnh Hà Giang. Xã Phương Độ trực thuộc thành phố Hà Giang.